RESUMO: A realização da pesquisa de novas variedades de soja e milho pela EMBRAPA tem como um dos reflexos mais importantes a intervenção pública no mercado dessas sementes. Ao participar desses mercados, a EMBRAPA não só amplia a concorrência, mas também ocupa importantes espaços estratégicos, dada a importância dessas culturas para agricultura nacional. Apresentamse neste artigo as principais características dos mercados de sementes de soja e milho, as formas de proteção da proprieda de intelectual nesses segmentos e as relações entre a EMBRAPA e outros importantes atores privados que atuam nesses mercados.