RESUMO: A expansão do agronegócio tem sido marcante na sociedade brasileira, caracterizando-se por cadeias de produção cada vez mais integradas e pelo uso intensivo de capital nos diversos segmentos que o compõe. A emergência de um mercado consumidor mais exigente quanto à preservação da identidade de uma categoria de grãos e o crescimento das exportações de commodities agrícolas brasileiras aponta para a geração de impactos positivos, na forma de melhor remuneração para os produtos agrícolas de qualidade diferenciada. Todavia, tal tendência entra em choque com a estratégia brasileira dos últimos anos de exportar commodities, processo que expõe uma série de fragilidades logísticas do país. O objetivo deste trabalho é analisar a logística de transporte e armazenagem do Brasil frente à demanda crescente de sistemas de segregação e/ou sistemas de preservação de identidade. Os resultados da pesquisa de campo realizada, com o intuito de avaliar os aspectos operacionais da segregação de grãos não geneticamente modificados (não-GMs) e grãos GMs, também são apresentados.