As mudanças institucionais introduziram novas estruturas de governança no sistema de inovação sucroalcooleiro. Os sistemas de inovação no setor agropecuário têm como principais componentes as grandes empresas privadas das áreas química, mecânica, biotecnológica, geoinformática e de agroindústria, que atuam globalmente por meio de uma rede de cooperação com as organizações estatais de pesquisa agropecuária.
            Nesse aspecto, fica evidente a relevância do papel das organizações que compõem os sistemas de inovação no agronegócio e suas adaptações frente à mudança institucional. Essa é a situação das organizações públicas e privadas, que buscam identificar as oportunidades e ameaças para atualizar-se em relação à fronteira tecnológica, que mudou drasticamente nos últimos anos, bem como criar as transformações institucionais necessárias para viabilizar uma nova forma organizacional.
            Existem diferentes formas de coordenação que emergem na produção de CT&I, em função de diversos fatores relacionados à apropriação do conhecimento desenvolvido, a custos de transação na sua transferência e ao financiamento. Estas formas podem ser classificadas basicamente em três tipos:

1. Organizações públicas de pesquisa: possuem uma rigidez organizacional que restringe a flexibilidade para definir seus limites e relacionamentos. Uma vez que essa restrição impede sua autonomia, sustentabilidade e competitividade, estas organizações passam a redefinir a missão, regime jurídico, fontes de financiamento, gerenciamento da pesquisa, compreensão das dinâmicas setoriais e posicionamento estratégico nos sistemas de inovação¹.
2. Corporações de pesquisa: são consórcios de empresas que formam um pool de recursos como uma alternativa às formas de desenvolvimento interno de P&D, acordos de licenciamento de tecnologia, aquisições e joint ventures de pesquisa. Estas corporações de pesquisa possuem menos foco do que geralmente têm as joint ventures de pesquisa. Diferentemente das cooperações universidade-empresa, iniciadas pela universidade e fomentadas pelo governo, as corporações de pesquisa são iniciativas privadas de firmas-membro, que determinam o tipo de pesquisa a ser conduzida e contratam as universidades para buscar recursos de conhecimento complementares. É um arranjo institucional para economia de escala com diminuição do risco individual de P&D industrial, que possibilita a competição por recursos humanos e o direcionamento do esforço de pesquisa para determinada indústria. Corporações de pesquisa com muitos proprietários oferecem maior autonomia e recursos ao cientista, quando comparadas à firma isolada, que possui um departamento de P&D, mas oferecem menor autonomia que nas universidades.²
3. Redes: supõem a definição de limites de internalização e de verticalização por parte dos atores presentes, sejam firmas, instâncias de governo, organizações privadas sem fins lucrativos ou organizações públicas de pesquisa. Para operar numa rede, um participante precisa definir suas competências essenciais, definir foco de ação, desenhar estruturas de governança que reduzam custos de transação. Isso significa que diferentes mecanismos de governança podem ser mobilizados segundo os objetivos e as condições. Assim, determinado projeto pode ser totalmente conduzido internamente, outro pode ser realizado através de contratos ou buscado no mercado. Esse tipo de análise pode conduzir a decisões estratégicas que destaquem, para uma determinada organização, sua atuação em determinado espectro do processo de inovação, como por exemplo na difusão de técnicas e na assistência aos usuários.³

O setor sucroalcooleiro

            O sistema de inovação do setor sucroalcooleiro sofreu grandes transformações com a mudança do ambiente institucional, nas décadas de 1980 e 90. Portanto, além da importância econômica, há também a capacidade dinâmica para responder às mudanças ocorridas em seu ambiente com a introdução de novas estratégias.
            As mudanças institucionais - desregulamentação, profissionalização do setor no Centro-Sul, novo papel do Estado, política de inovação e o novo ambiente competitivo - propiciaram uma nova visão de oportunidades na produção de CT&I dentro de uma nova perspectiva. Esse fenômeno é observado pelo impacto nas mudanças organizacionais, dentro do sistema de inovação: financeira, de propriedade, decisória e tecnológica.
            Relatam-se aqui diversos casos de mudanças organizacionais ocorridas em diferentes organizações de pesquisa públicas e privadas do sistema de inovação sucroalcooleiro. As organizações de pesquisa em tecnologia canavieira, no sistema de inovação do setor sucroalcooleiro do Estado de São Paulo, são: Centro de Tecnologia Canavieira (CTC)⁴, Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA)⁵ , Universidade Federal de São Carlos (UFScar)⁶ e Grupo Votorantim - Alellyx e Canaviallis⁷.

Centro de Tecnologia Canavieira (CTC)

            O Centro de Tecnologia Coopersucar (CTC), criado em 1970, na Coopersucar, realizava P&D em Piracicaba-SP. Desenvolvia novas variedades de cana-de-açúcar e novos processos de produção visando às usinas associadas da cooperativa. As atividades do CTC eram mantidas através das receitas de comercialização da cooperativa, cujos recursos são considerados como custo da prestação de assistência técnica, atividade que passou a ser foco.
            Em 2004, a Coopersucar alienou o CTC, que passou a ser denominado Centro de Tecnologia Canaveira, adquirido por membros da cooperativa que reestruturaram o seu conselho de administração, configuração societária e modelo de gestão, no qual os associados financiam os projetos e recebem de forma direta e imediata os benefícios produzidos pela pesquisa. O CTC passa a privilegiar projetos de melhoramento genético de cana-de-açúcar, eliminando a prestação de serviços em engenharia e processo industrial.
            Busca-se, assim, auto-sustentação econômica com royalties sobre a sua multiplicação e uso comercial de novas variedades; previsão de safras e acompanhamento das lavouras através de sistema de satélite; controle biológico de pragas e solução de doenças; novas técnicas de manejo conservacionista; melhoria dos processos de produção, armazenagem e transporte de açúcar e álcool e aproveitamento dos subprodutos do processo industrial da cana.

Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA)

            A APTA, da Secretaria de Agricultura e Abastecimento de São Paulo, é comporta de seis institutos de pesquisa e 15 pólos regionais. As pesquisas sobre a cultura da cana-de-açúcar são agregadas na programação de P&D em cana-de-açúcar, que deu origem, em 2002, ao Centro Avançado de Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, sediado em Ribeirão Preto – SP, o qual articula as atividades do programa. A equipe de trabalho, descentralizada nas unidades de pesquisa da APTA (Instituto Agronômico, Instituto Biológico, Instituto de Economia Agrícola e Pólos Regionais), atua na forma de rede, mantendo os seus membros em contato constante.
            A interação entre outras organizações do sistema de inovação sucroalcooleiro é complexa, incluindo beneficiários como cooperativas de fornecedores de cana, Universidades e a EMBRAPA, dispersos em diversas linhas de atividades e locais e objetivos. O programa atua em diversas áreas do conhecimento inerentes ao setor sucroalcooleiro: melhoramento genético, controle biológico, técnicas de cultivo e manejo, economia, sociologia, estatística e agrometeorologia, de forma que os resultados são difíceis de mensurar e apropriar.

Universidade Federal de São Carlos (UFScar)

            A UFScar, incorporou, em 1991, o extinto PLANALSUCAR, em Araras, dando continuidade ao programa de melhoramento genético no Centro de Ciências Agrárias (CCA) com três departamentos acadêmicos: Departamento de Biotecnologia Vegetal (DBV), que desenvolve o Programa de Melhoramento Genético da Cana-de-Açúcar (PMGCA); Departamento de Recursos Naturais e Proteção Ambiental (DRNPA), que atua em sanidade vegetal, manejo e técnicas de produção e climatologia; e o Departamento de Tecnologia Agroindustrial e Sócio-economia Rural (DTAiSER) com a área de tecnologia para a agroindústria, administração rural, ciências humanas e sociais e agroecologia.
            A parceria com empresas em São Paulo e outros estados dá suporte financeiro para a sustentação do programa de melhoramento e também na condução de experimentos de campo como parte do processo de seleção de novas variedades.

Alellyx e Canaviallis

            A Unidade Novos Negócios do Grupo Votorantim é um fundo de investimento cujo portifólio é composto por nove negócios nos setores de ciência da vida e tecnologia da informação. Entre eles está a Alellyx Applied Genomics, fundada em 2002, em Campinas-SP, por cientistas brasileiros pioneiros em genômica de plantas e de fitopatógenos, para aumentar a competitividade da cana-de-açúcar, da laranja e do eucalipto.
            A Canaviallis foi criada por ex-pesquisadores da UFScar, que participaram do Programa Nacional de Melhoramento Genético da Cana-de-Açúcar, iniciado na década de 1970 dentro do Planalsucar do Instituto de Açúcar e Álcool (IAA), extinto em 1990. Desenvolve variedades de cana-de-açúcar e implementa o processo de produção nas usinas, desde o diagnóstico até a escolha da variedade, a propagação e a gestão do canavial. 
           

            A interação coordenada entre organizações de pesquisa, universidades e organizações privadas de pesquisa é crucial para gerar conhecimento de alto valor e canalizar recursos inovativos ao setor produtivo. O uso intensivo de ciências básicas e aplicadas de forma imbricada faz com que as organizações desenvolvam estratégias de coordenação em rede, para que se tenha benefícios da troca de recursos complementares entre outras competências, como conhecimentos específicos e capacidade de captar recursos, interagir com as cadeias de produção e monitorar as demandas do setor, bem como condições físicas e locacionais específicas.
            A forma de organização para esse fim vem sofrendo mudanças significativas no setor sucroalcooleiro. O relacionamento entre organizações de pesquisa e destas com o setor produtivo e com agências de fomento toma uma nova dimensão. A contratualização e a coordenação de atividades na formação de parcerias, entre outras estratégias, refletem a emergência de inovações organizacionais adotadas pelas organizações de pesquisa públicas e privadas no sistema de inovação do setor sucroalcooleiro.
            Há incentivos criados pela demanda, há busca de eficiência na alocação de recursos públicos, há busca de geração de retornos econômicos no desenvolvimento privado e há busca por resultados financeiros em atividades de base tecnológica. Tanto os agentes econômicos do setor produtivo, investidores, quanto pesquisadores dentro de organizações públicas criam suas redes de relações que vão definir a reorganização do sistema de inovação.
            A entrada de novos modelos organizacionais, anteriormente inexistentes no sistema de inovação sucroalcooleiro, mostra que estruturas complementares se beneficiam de competências já criadas dentro (cientistas) e fora (financistas) do sistema de inovação. Exemplo é o aporte de capital financeiro privado para criar resultados tecnológicos apropriáveis com retorno sobre o investimento traduzido em fluxo de caixa.
            Esse processo mostra uma mudança institucional, do ponto de vista de que as estratégias de mudança emergem de uma nova concepção de CT&I, para os diversos participantes do sistema de inovação. Porquê essas organizações mudam pode ser respondido pelo processo de internalização de mais uma concepção de produção de conhecimento científico e tecnológico.⁸